Il primo scontro fra Muso Gonnosuke e Miyamoto Musashi ebbe luogo nel 1605; durante il duello Gonnosuke utilizzò una lunga spada di legno e fu facilmente sconfitto da Musashi. Ritiratosi a Homangu, egli passò 37 giorni in meditazione e solitudine, realizzando che la sua arma e la tecnica di combattimento accumulata fino ad allora non gli avrebbero permesso di affrontare un abile spadaccino. Il nuovo jo che Gonnosuke utilizzò era lungo 128 centimetri: più lungo del tachi (spada) utilizzato di quel periodo, ma più corto e leggero del bo (bastone lungo). Avvantaggiandosi della possibilità del bastone corto di ruotare rapidamente fra le mani e di colpire sia con stoccate che con fendenti, Gonnosuke sfidò e sconfisse Musashi in un nuovo duello. In seguito elaborò un sistema che incorporava tutte le tecniche del suo nuovo stile; divenne insegnante del clan Kuroda, creando così il suo Shindo Muso Ryu.
Naturalmente, prima delle innovazioni di Gonnosuke esistevano già forme di combattimento col bastone; lo stesso Gonnosuke aveva studiato il Tenshin Shoden Katori Shinto-ryu e il Kashima Jikishinkage-ryu. Il sistema di Gonnosuke rimase un’arte esclusiva dei Kuroda per generazioni, finché la linea ereditaria passò a Shiraishi Hanjiro Shigekai e, dopo la sua morte nel 1927, ai suoi studenti. Fra essi, Shimizu Takaji è stato certamente uno dei più importanti, nell’ultima parte del XX secolo. In particolare, egli sentì l’esigenza di passare da un metodo di insegnamento utilizzato per un piccolo ed esclusivo gruppo di samurai ad un altro, creato per studenti moderni. Formulò così dodici tecniche di base, che vennero adottate da tutti i praticanti.
Dopo poco decise di cambiare il nome dell’arte da jojutsu in jodo, la “via” del jo; come i fondatori delle altre forme “-do”, Shimitzu desiderava trasformare un’arte originariamente creata per il combattimento in un sistema che consentisse di seguire un proposito filosofico e spirituale.